Приоритетным в работе стоматологического факультета является качество подготовки врачей-стоматологов, совершенствование учебно-методической и научной работы. С этой целью расширяются и оснащаются новым оборудованием учебно-клинические базы, проходят усовершенствование в ведущих вузах страны и учебных центрах по стоматологии сотрудники факультета.

На всех кафедрах используется рейтинговая система оценки теоретических знании и практических навыков студентов, что позволяет в течение года контролировать и прогнозировать результат обучения.
Применяется трехэтапный экзамен, позволяющий объективно оценивать теоретическую и практическую подготовку студента. С основания факультета большое внимание оказывается практической подготовке будущих выпускников, врачей-стоматологов, что определяет их конкурентоспособность и высокую востребованность на рынке труда не только в Алтайском крае, но и далеко за его пределами. За время работы стоматологический факультет АГМУ подготовил более 1000 врачей-стоматологов, удовлетворяя потребности Алтайского края, республики Алтай и республики Тыва.

Для освоения практических навыков в настоящее время активно используется межкафедральный фантомный класс (заведующая классом – Е.А. Языкова), а также оснащенная современным оборудованием Университетская стоматологическая поликлиника (главный врач – канд. мед. наук, доц. О.А. Ковалев).
Кроме того, практические занятия проводятся на базе муниципальных учреждений здравоохранения (главный стоматолог Алтайского края – В.Д. Долматов и главный стоматолог г. Барнаула – В.П. Козлова), которые оказывают значительную помощь в организации учебного процесса