В 1998 году в академии был открыт филиал стоматологического факультета Уральской Государственной медицинской академии. Стоматологический факультет Челябинской государственной медицинской академии получил «путевку в жизнь» в 2000 году приказом МЗ РФ в связи с острым дефицитом стоматологических кадров в Челябинской области. В 2001 году организована кафедра стоматологии, а с 2004 году из кафедры стоматологии в результате переорганизации были образованы выпускающие (профильные) кафедры терапевтической, хирургической и ортопедической стоматологии.
Начиная с 2005 года, состоялось 5 выпусков врачей-стоматологов.
Факультет проводит подготовку специалистов по специальности 060105.65 «Стоматология», форма обучения студентов – очная, обучение осуществляется в соответствии с нормативным сроком освоения специальности в течении 5 лет. Начиная с 2008-2009 учебного года, проведен набор студентов на очно-заочную (вечернюю) форму обучения, со сроком освоения специальности 5,5 лет. Обучение студентов стоматологического факультета проводится в строгом соответствии с Государственным образовательным стандартом высшего профессионального образования по специальности 060105 (040400) «Стоматология» второго поколения (согласован с МЗ РФ 9.03.2000, утвержден МО РФ 10.03.2000, № гос. регистрации 133 мед/сп). Выпускникам присваивается квалификация «Врач-стоматолог». На сегодняшний день контрольные цифры приема на первый курс стоматологического факультета составляют 30 бюджетных мест и 50 на контрактной основе (из них – 25 на вечернюю форму обучения). Конкурс на факультет составлял в разные годы от 3,7 до 4,4 человек на место. С 2003-2004 учебного года проводится набор лиц, обучающихся по сокращенным срокам (3 года), имеющих высшее медицинское образование по специальностям «Лечебное дело» и «Педиатрия».
Основная миссия преподавательского состава стоматологического факультета - додипломная подготовка врачей-стоматологов с установленным стандартом уровнем профессиональной компетентности. Помимо этого, на базе выпускающих кафедр факультета ведется большой спектр последипломной подготовки как для врачей - интернов – стоматологов, клинических ординаторов, так и для врачей - стоматологов различного профиля. Выпускник любого медицинского факультета получает право на самостоятельную работу только после получения сертификата специалиста. Такой сертификат выпускники факультета получают после прохождения годичной интернатуры, которая представлена специальностью «Стоматология общей практики». Помимо интернатуры медицинская академия проводит обучение в клинической ординатуре (резидентуре) по основным направлениям стоматологии - «Терапевтическая стоматология», «Хирургическая стоматология», «Ортопедическая стоматология». Врачи-стоматологи на базе стоматологического факультета проходят обучение на сертификационных циклах (144 часа) и циклах профессиональной переподготовки (514-576 часов) по специальностям «Терапевтическая стоматология», «Хирургическая стоматология», «Ортопедическая стоматология».