Стоматологический факультет был организован в 1988г.  в составе ВНПО "СТОМАТОЛОГИЯ" постановлением Правительства СССР. В структуру факультета входили  ряд профильных кафедр Центрального института усовершенствования врачей (ныне РМАПО). Деканом  факультета был назначен доцент Куклин Г.С. Затем после распада СССР и реорганизации ВНПО "Стоматология" факультет существовал в ранге самостоятельного учреждения при МЗ РФ. С  2000г. стоматологический факультет вошел в структуру РМАПО.