Стоматологический факультет — один из самых молодых факультетов университета. Он открыт в 1988 году, имеет дневную форму обучения и готовит врачей-стоматологов.

За последние 5 лет работы факультета подготовлено 475 врачей-стоматологов, работающих практически во всех регионах России, государствах Ближнего Зарубежья, а в последние годы и государствах Ближнего Востока. Ежегодный прием студентов на стоматологический факультет за эти годы остается неизменным и составляет — 100—120 человек.

Подготовка по специальности „Стоматология“ осуществляется согласно государственному образовательному стандарту в очной форме на дневном отделении продолжительностью 5 лет.

Студенческий контингент складывается из студентов обучающихся на бюджетной и компенсационной основе. В структуре последней имеются студенты — граждане РФ и иностранные студенты. С 2001—2002 учебного года в СГМУ впервые введено обучение на базе высшего образования, по специальности „стоматология“ по 2 годичной учебной программе проходят подготовку врачи, имевшие подготовку по специальностям „педиатрия“ и „лечебное дело“.