История Института стоматологии КрасГМУ началась с курса стоматологии кафедры госпитальной хирургии (заведующий курсом - доцент Ю.И.Бернадский).
Ю.И.Бернадский - крупный ученый, профессор, Заслуженный деятель науки, организатор стоматологического отделения краевой клинической больницы и его заведующий с 1949 по 1953 годы.
Стоматологический факультет при Красноярском государственном медицинском институте с набором в 150 человек открыт в 1978 году, а деканом факультета назначен доцент курса стоматологии при кафедре госпитальной хирургии А.А.Левенец (1978-1998). Большую помощь в открытии и организации работы стоматологического факультета оказал директор ЦНИИ стоматологии академик АМН СССР А.И.Рыбаков). За 1976 - 1979 годы проведено 5 совместных экспедиций ЦНИИ стоматологии и Красноярского мединститута по исследованию стоматологической заболеваемости взрослого и детского населения в различных регионах Красноярского края и Хакасии.
В 1979-1980 учебном году начались занятия на предклиническом фантомном курсе. В следующем учебном году открыта кафедра стоматологии (заведующий кафедрой - доцент А.А.Левенец) с курсами терапевтической и ортопедической стоматологии.
В 1981-1982 учебном году открыты три профильные кафедры - терапевтической, хирургической и ортопедической стоматологии, а в сентябре 1982 года - кафедра стоматологии детского возраста.
В 1983 году состоялся первый выпуск стоматологического факультета. В 1983 году в Красноярске проведён под эгидой ВОЗ первый в СССР международный семинар с привлечением врачей Сибири и Дальнего востока «Использование эпидемиологических исследований для планирования стоматологической помощи и профилактики стоматологических заболеваний». В настоящее время набор абитуриентов на специальность «стоматология» составляет 30 человек.
В 1989 году открыта стоматологическая поликлиника КрасГМУ, где располагаются кафедры терапевтической, ортопедической стоматологии, хирургической стоматологии и челюстно-лицевой хирургии, стоматологии ИПО.
В 2002 году кафедра хирургической стоматологии переименована в кафедру хирургической стоматологии и челюстно-лицевой хирургии.
В марте 2005 года стоматологический факультет реорганизован в Институт стоматологии КрасГМУ (руководитель, профессор В.В. Алямовский).